中原大战之后，清末民初时期的军阀势力终于遭到打击，逐渐被瓦解。那些曾经强大的军阀部队，或被解散，或被重新编制，甚至并入新的力量之中。虽然一部分军阀部队勉强存留，但实力大幅下降，再也没有能力与蒋中正基于黄埔军校培养的忠实部队抗衡。

然而，即便如此，军队内部依然存在分裂，形成了多个派系。蒋中正所依赖的黄埔军校毕业生，虽然表面上属于同一个阵营，但他们之间的派系斗争却十分复杂。蒋中正对此显得无能为力。

一方面，黄埔军校虽引入了较为先进的军事教育理念，但其教官多为老式军校毕业，常常将传统的“拉帮结派”习惯带到军校，影响到学员们。另一方面，黄埔的毕业生年轻且缺乏经验，在短时间内难以挑战和取代那些有着深厚资历的老将们。那些老将大多拥有行伍背景或曾在老式军校接受训练，自然将派系的形成和结盟的传统延续给了黄埔生。

再者，蒋中正也有意在黄埔生中树立几个典型人物。这不仅有助于培养他们对蒋中正的忠诚，认为跟随他将有前途，还能在军中维持平衡，避免某一派系过于强大。有时，蒋中正甚至故意激化派系间的矛盾，使得各方势力更加依赖他。

蒋中正在黄埔系中的地位自然是无可动摇的。然而，在蒋中正以下，能在黄埔军中拥有一定影响力的，就不得不提何应钦。蒋中正曾认为何应钦是一个忠诚且缺乏野心的人，尽管他在能力上稍显逊色，但仍能稳固军心。然而，没想到在1947年4月，蒋中正突然被李宗仁和白崇禧迫使下台。那时，何应钦掌握黄埔军的权力，只要他表态，蒋中正很可能会顺势下台。但何应钦却始终保持沉默，未作任何表态。

在失去了军队的支持后，蒋中正不得不灰头土脸地退位，而这也为蒋中正后来的不满埋下了伏笔。正因为如此，蒋中正在复职后，刻意分割何应钦的兵权，将其分配给刘峙、顾祝同和陈诚。与刘峙和顾祝同相比，陈诚更加锐意进取，忠诚于蒋中正，因此蒋中正有意扶植陈诚，借此与何应钦形成对立，力图削弱何应钦的影响力。这也是陈诚得以在蒋中正眼皮底下逐渐形成自己的派系的原因之一。

蒋中正极为重视军权，陈诚的崛起不可能没有蒋中正的默许。陈诚除了得到蒋中正的支持外，其他如胡宗南和汤恩伯能够独立成派，也与蒋中正的战略部署息息相关。蒋中正将胡宗南留在陕西，赋予他大权，既是为了围堵延安，也在一定程度上让胡宗南有了发展空间。而汤恩伯之所以被重用，是因为蒋中正担心李宗仁在第五战区发展过快，于是将汤恩伯任命为鲁苏豫皖边区总司令，作为对李宗仁的监视者。

在黄埔系中，除了陈诚、胡宗南和汤恩伯的三个派系，其他黄埔生多归何应钦派。何应钦的做法是，只要不是与其他派系相关的人，他都会接纳。不过，尽管陈诚、胡宗南和汤恩伯的派系兵力强大，但如果谈到名将的数量，或许这些派系并没有太多能在抗战或解放战争中崭露头角的将领。换句话说，正是依靠派系的力量，而非个人的战功，才使得他们登上了高位。

除此之外，黄埔系中还有一支不容忽视的力量，那便是以杜聿明为代表的第5军。第5军不仅出产了不少名将，还派生出了多个兵团和军级单位，可以说，第5军为蒋中正的军队提供了强有力的支持。在解放战争时期，郑洞国、邱清泉、廖耀湘等人的兵团都出自第5军，可见这支部队的战斗力和影响力。

杜聿明的第5军，是蒋中正的嫡系部队之一，然而，尽管第5军的实力庞大，杜聿明始终未能建立起自己独立的派系。究其原因，首先是杜聿明的性格问题。他与关麟征等人的关系更像朋友而非上下级，缺乏强硬的领导风范，导致无法形成坚实的派系力量。而他宽厚的性格，虽然让许多将领愿意为他效力，但却没有像陈诚、胡宗南和汤恩伯那样的决断力，导致许多有实力的部队未能集中在一起，反而使得第5军未能形成一个强有力的派系。

此外，杜聿明在处理军中事务时，常常会过于考虑他人的感受，这使得他错失了许多重要决策的最佳时机。例如在辽沈战役和淮海战役中，他未能果断做出撤退决定，导致了部队的重大损失。即使在与熊式辉和廖耀湘等人的关系中，杜聿明也未能有效地建立起权威，使得他始终未能在黄埔系中独立成派。

蒋中正虽然将第5军交给了杜聿明，但显然他并未将其作为潜在的派系核心。蒋中正看中的是杜聿明的忠诚和执行力，而非他的野心。在蒋中正眼中，第5军的存在是为了应对战时的突发状况，而非为了再度形成一个新的派系。因此，尽管第5军的实力强大，最终未能形成派系，这既是杜聿明的遗憾，也是他的一种幸运。